eMule在Vista下的兼容性问题，主要有3个表现，1是可能造成内容重复下载(即Temp目录中的内容莫名其妙的重复出现)，2是设置的选项有时感觉会有回档，3是平时浏览Incoming目录下找不到文件，要点击工具栏上的“兼容性文件”按钮才能看见。
刚才简单研究了一下，本质是由于Vista启用了新的UAC(用户帐户控制)系统，所有的程序默认都是通过标准用户执行(没有管理员权限)，没有权限对Program Files文件夹进行写入操作。而为了向前兼容，如果程序试图对Program Files写入，会被自动转到C:\Users\用户名\AppData\Local\VirtualStore\Program Files\目录下，实际文件都会被记录在那个目录。
而eMule默认不论是配置读写还是下载文件保存都在Program Files目录下，实际都被写入了C:\Users\Dash\AppData\Local\VirtualStore\Program Files\eMule。应该就是这个原因，造成了eMule在Vista下的兼容性错误。1、2所述的问题，可能是由于eMule或Windows为正常关闭引起的，最近似乎没有再遇到。
解决方案参考:
1. 执行eMule时，点右键，选择以管理员身份运行。(只能自己临时使用)
2. 在控制面板，用户帐户中，关闭UAC。(这样能解决所有兼容性问题，安全性回到XP时代，只能自己使用)
3. 文件下载目录默认不放在Program Files目录下，如FlashGet放在C:\Downloads，就没有这个问题。
4. 通过其他某些方法，使eMule强制以管理员身份执行。(利用漏洞达到目的可能性不高,不知道微软有没有提供什么方案)
参考资料:
http://www.bitscn.com/windows/system_secur…0612/84914.html
http://support.microsoft.com/kb/927387/zh-cn